郑芝龙让已经经历过战斗的陆战第十旅镇守台南地区，改热兰遮城为大员，赤嵌城为汕尾，陆战第十旅的临时驻地是大员，同时分兵驻守整个台南地区。
为了保障大员的海上安全，郑芝龙留下了五艘福船驻守在大员港口，南海舰队受损的舰船，暂时在这里维修，俘获的荷兰舰船也会停靠在这里。
台湾南部的土著，在荷兰人的眼中，他们还未开化，但郑芝龙直接将他们看做是汉人，他们因为各个朝代的变迁，为躲避战乱才跨海来到台湾的，这些汉人百姓，原本就不识字，所以来到台湾之后，逐渐忘记了他们过去的历史。
这些汉人的后裔，受尽了西夷的欺凌，现在大明的舰队来了，郑芝龙要唤醒他们沉睡中的记忆，让他们重新回归汉人，回到大明的怀抱。
土著们在与荷兰人的战争中，因为武器及其落后，根本胜少负多，而且伤亡也比较大。
现在大明的海军来到大员、汕尾等地，且不同饮海峡之水，与蓝眼睛、红头发、白皮肤的荷兰人相比，黑头发、黑眼睛、黄皮肤的汉人更加养眼，让他们有了一种亲切感。
在郑芝龙的一再招呼下，明军对当地的土著采取了怀柔政策。
当地本来就有许多汉人百姓，他们与土著一样，受到荷兰人的奴役，因为彼此的社会地位差不多，汉人与土著通婚的比比皆是，在当地汉人的协助下，土著逐渐接受了明军。
至于俘获的荷兰人，明军不会让他们闲着，天上不会掉下馅饼，白吃饭不干活，那是官员才有的待遇，他们现在可是俘虏。
荷兰俘虏现在就是最好的劳动力，在明军的监督下，他们参与修补城墙、扩建码头、修理舰船。
在俘获的荷兰商人中，还有一些汉人和当地土著女人，她们是嫁给了荷兰人，有的还给荷兰人生过孩子。
明军将这些夫妻强行拆散了，荷兰人迟早要回去，他们的夫妻关系是不会长久的，迟痛不如早痛，至于生下的孩子，如果长得像荷兰人，就让荷兰人带走，如果长着一副汉人的模样，就作为汉人留下来。
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