木叶39年，第二次忍界大战结束，由奈拒绝加入暗部，转而加入医疗班，拜入纲手门下。
二次忍界大战结束後，木叶进入鼎盛期，号称最强火影的猿飞日斩；几乎败退忍界半神半藏之封的四忍，纲手、大蛇丸、自来也与旗木朔茂，以及新生代掌握飞雷神之术，共称木叶双闪的波风水门及雪村由奈。
持续九年的和平，被岩忍的突袭打破了，战事一触即发，由水门和由奈带领的两只小队成功切断敌人补给，与岩隐村正面战场却遭遇三代土影及雾隐的伏击，即使岩隐和雾隐因补给中断而撤退，战损仍十分严重，四忍中的旗木朔茂面对三代土影的尘遁，付出了右臂及右眼的代价。
由於决策失利导致正面战场近乎全面溃败，失去民心的三代火影与火之国大名策画推选第四代火影。
四忍中，旗木朔茂以失去一眼一臂为由拒绝，纲手及自来也更是完全无心火影之位，火之国高层不愿让大蛇丸或宇智波富岳成为火影，因此决定让木叶双闪其中一人参选。
由於水门以由奈的话肯定更适合。为由拒绝，最终在三代火影与火之国大名的C作之下，虽然本人极力拒绝，四代火影之位仍是落在了由奈头上，然而，意外却再次发生了。
木叶48年，水门与玖辛奈的儿子出生当夜，作为挚友在场的由奈，再次扇动她那对小小的翅膀。
当晚，一个黑衣人只身潜入木叶，闯入产房的瞬间，强大的幻术控制了除水门及由奈以外的所有人，在以一敌二的情况下仍然破坏了九尾的封印，尽管不完全，但几近解封的九尾，还是造成了极大的破坏。
村内所有的上忍全部出动，最终成功将九尾压制并封印回玖辛奈T内，大蛇丸却在此时叛变，先前由奈追击无果的黑影也突然出现，袭向了玖辛奈与新生的婴儿，千钧一发之际，由奈代替玖辛奈承受了那一击，那也是忍界至今首次，也是最後一次，有人成功施展不需术式定位的飞雷神之术。
那一夜之後，四代火影阵亡；四忍中，旗木朔茂失去一眼一臂战力受损极大；大蛇丸叛逃，自来也前去追击；继弟弟及Ai人Si在战场，又再次失去当作妹妹的钢手愤而离村，木叶受到毁灭X的打击。
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